咖啡豆的品种是决定咖啡风味最为关键的因素之一。
在世界范围内，原生咖啡豆主要分为三类：阿拉比卡Arabica、坎尼弗拉Canephora（这个品类只有一个豆种：罗布斯塔Robusta，也更广为人知）和利比利卡Liberica。
阿拉比卡Arabica
现在的精品咖啡基本上用的都是阿拉比卡，它的风味要精致得多。苦度低，酸甜度高，属于「酸香型」咖啡。
就成分来看，阿拉比卡咖啡的咖啡因含量较低，脂肪和糖的含量相当丰富，因此气味柔和、口感清新微甜，有时会带一些清爽怡人的酸味，受到许多咖啡爱好者的喜爱。
阿拉比卡咖啡抗虫能力弱，种植海拔高，结果实慢，因此，多用于新鲜的咖啡制作。
罗布斯塔Robusta
罗布斯塔易于种植，产量大且廉价，风味比较粗糙，常被用于即溶咖啡（其萃取出的咖啡液大约是阿拉比卡种的两倍）、罐装咖啡、液体咖啡等工业生产咖啡上，也被称作「商业豆」。
罗布斯塔种有独特且强烈的香味（被称为「罗布味」，有些人认为是霉臭味）与苦味，如果取2—3%的比例混合到其他咖啡里，那整杯咖啡都成了罗布味了。因此，罗布斯塔种咖啡豆是不可以作为单品咖啡豆饮用的。
其咖啡因的含量远高于阿拉比卡种，大约为3.2%左右。
利比利卡Liberica
比较小众，只占3%～5%，一般不能单独喝，口感偏咸。
三种豆子，三种显著的风味。阿拉比卡豆的苦度低，酸甜度高，风味多样，属于「酸香型」咖啡；罗布斯塔则苦度更高，口感更加醇厚；利比利卡一般不能单独喝，口感偏咸。
咖啡豆的品质也会影响咖啡的风味，在埃塞俄比亚，人们按「瑕疵率」来对咖啡豆划分等级：
微批次：只把红果子挑走（讲究的庄园只采收红果）；
G1：人工只需挑选一遍，就可以把绿果去除，剩下都是红果；
G2：人工要挑选2遍，才能把绿果去除完（说明绿果较G1更多）；
G3、G4依次往下……
