道光二十年（1840年〕爆发鸦片战争，二十二年英帝国主义迫使腐败的清政府签订了中国历史上第一个不平等的《南京条约》。咸丰元年又爆发太平天国革命。由于战败赔款及军赞开支庞大，财政极度匮乏。在这仲情况下，政府企图通过征收苛捐杂说来解救危机，茶税也因此而大大加重，征收茶税的重心遂由川陕转向东南，但四川茶业经济仍有其特殊性，仍实行引票制，只是压缩腹引、土引，而通过增加边引来扩大税源，道光以后，四川不少州县把腹引的税额摊入地丁项下征收，如道光二十九年（1849年）安具知县会议规定：“每丁粮一两，摊征腹引课税四十文，随同盐税归丁征收。”边引、土引产区，商人系大宗经营，牟利较丰，茶税仍由商人负担。此外还巧立名目敲诈勒索，如光绪三十四年（1908年）各州县先后由警察局征收“茶桌捐”，据《四川官报》载：“每方桌一张．抽六十文；条桌一张，抽五十文。”有的县竟以家庭为对象，按户征收“茶桌捐”，扰民害民已到了何其严重的地步！
东南各省与四川有所不同，仍继续推行茶引制，商人请引纳税。除正税外，还有地方杂税，且税种税率极不统一。咸丰三年（1853年）．刑部右侍郎雷以诚率军扬州镇压太平天国起义军。是年常州、苏州为义军占领，漕粮、丁役不济。为筹措军饷，乃于扬州仙女庙创办厘捐，设厘局于上海。此后各省也相继设厘金总局，下再设分局、子卡、巡卡，征收货物通过税。起初只是战地长官临时筹措军饷的权宜之计，后成为定制。这样，商人买引后还要抽厘，加重了税收负担。
厘金可分为产地厘金、通过地厘金、销售地厘金，名目繁多且不统一。如咸丰九年（1859年），江西境内运茶100斤征厘金2钱，运往外省须再抽出境厘金1钱5分。此外还有附加税，江西称之为茶捐，每100斤征银1两２钱至1两4钱。再如浙江，同治二年（1864年）箱茶每引抽茶捐9钱、厘金1两4钱，篓茶及袋茶每引抽茶捐4钱、厘金6钱。外省茶从浙江过境者，每引仍需抽匣8钱。可见厘金重于引税，杂税重于正税。由于茶引和厘金都是征收的茶税，故后来取消茶引而专门抽厘。该制度一直沿袭到民国时期。
另据左宗棠《征收起运运销茶税未能额情形折》，咸丰、同治年间福建实施起运、运销两税，其数额也相当大，如咸丰十年（1860年）征收起运茶税为银2260０两、运销茶税为银238500两，同治二年（1863年）；证起运茶税为银38300两、运销茶税为银213600两。
又据光绪二十三年（1897年）商会报告，汉口各档茶每100斤平均收厘金2．27两、出口税2．７２两，税后平均价为20。35两，厘、税占税后平均价的24．5％，另外通过上海口岸时还要另征７。５％的关税。故实际税收超过了平均价的30％，足见茶税之重是令人吃惊的。
正是由于清末朝廷腐败、苛税不堪重负，自光绪六年（1881年）后，开茶庄及采箱者因屡年折本、倾家荡产而多不以茶为正项生理，有田者归田，无田者以砍柴为生；种茶者大受茶之累，茶园有十荒其八也。华茶亦自此开始衰落。民国五年（19l6年），日本静冈茶叶试验场技师川崎工一先生来华调查中国茶业状况后认为，华茶衰退有五个方面的原因，其三是“内地厘金杂税极重，到现在还没有废除。”这种见解是十分正确的。
